Misi
Dalamm mewujudkan visi tersebut, HMI Cabang Baubau menjalankan berbagai langkah strategis, di antaranya melalui proses kaderisasi yang sistematis dan berkelanjutan guna membentuk kader yang beriman, berilmu, dan memiliki jiwa kepemimpinan. Selain itu, organisasi ini juga berupaya mengembangkan potensi intelektual mahasiswa melalui diskusi, kajian ilmiah, dan pendidikan kader, serta menanamkan nilai-nilai keislaman dan kebangsaan dalam kehidupan sehari-hari. HMI Cabang Baubau turut mendorong peran aktif mahasiswa dalam kegiatan sosial sebagai bentuk kontribusi terhadap pembangunan masyarakat dan daerah, sekaligus memperkuat solidaritas serta jaringan kader untuk memperluas peran organisasi di berbagai sektor kehidupan.